La fauna está conformada principalmente por mamíferos y reptiles acuáticos y aves. Entre los mamíferos se destacan los carpinchos (Hydrochoerus hydrochaeris), cuyas huellas pueden observarse en los senderos, nutrias (Lutrinae) y lobitos de río (Lontra longicaudis); entre los reptiles se pueden hallar el yacaré ñato (especie que se creía extinta), lagarto overo (Tupinambis teguixin), culebras acuáticas y tortugas de laguna.1
Las especies de aves son muy variadas, destacándose el espinero rojizo (que construye sus nidos con palitos, los cuales penden sobre el agua), patos (Anatidae),caraús (Aramus guarauna), chajás (Chauna torquata), cigüeñas (Ciconiidae), garzas (Ardeidae) y también martines pescadores (Chloroceryle sp.), los cuales abundan y son de fácil observación, por lo que se han convertido en la especie más representativa del parque.1
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